보존 등기 신청 방법 및 서류, 셀프 등기 절차 총정리 (2026)

새로운 건물을 지었을 때 가장 먼저 해야 할 일은 무엇일까요? 바로 '보존 등기'입니다. 보존 등기는 사람으로 치면 '출생 신고'와 같습니다. 이 절차를 마쳐야만 비로소 등기부등본이 만들어지고, 내가 이 건물의 진짜 주인임을 세상에 증명할 수 있습니다. 2026년 현재 기준으로 보존 등기를 법무사 없이 스스로 할 수 있는 방법과 주의해야 할 세금 정보를 알기 쉽게 정리해 드립니다.

#1. 보존 등기란? 건물 완공 후 등기부등본을 처음 만드는 과정

보존 등기는 쉽게 말해 아직 등기되지 않은 건물에 대해 처음으로 소유권을 등록하는 절차를 말합니다. 건물을 신축하고 사용승인(준공)을 받으면 구청에서 「건축물대장의 기재 및 관리 등에 관한 규칙」 제12조에 따라 '건축물대장'을 만들어 주는데, 이것만으로는 부족합니다. 등기소에 가서 '보존 등기'를 신청해야 비로소 등기부등본이 생기며, 이후에 건물을 팔거나(매매) 은행에서 대출을 받는(담보 설정) 등의 법적 권리 행사가 가능해집니다.

#2. 신청 기한 60일 엄수: 미등록 시 가산세 부과 및 대출 제한 주의

신축 건물의 소유주는 사용승인서 교부일, 임시사용승인일, 사실상의 사용일 중 가장 빠른 날로부터 60일 이내에 취득세를 신고하고 납부해야 합니다. 지방세법 제20조에 따르면 취득일(일반적으로 사용승인일)로부터 60일 이내에 세금을 내지 않으면, 일반적인 무신고의 경우 납부세액의 20%가 부과되지만, 사기나 그 밖의 부정한 행위로 신고하지 않은 경우에는 40%의 가산세율이 적용되는 '무신고 가산세'와 「지방세기본법」에 따라 매일 미납세액의 0.022%(10만분의 22)에 해당하는 '납부지연 가산세'를 추가로 부담해야 합니다.

또한, 보존 등기를 미루면 다음과 같은 불이익이 생글 수 있습니다.

대출 불가: 등기부등본이 없으면 은행에서 건물을 담보로 잡을 수 없어 잔금 대출 등이 불가능합니다.
매매 제약: 등기가 되어 있지 않은 상태에서는 소유권 이전이 안 되므로 건물을 팔 수 없습니다.
전세권 설정 불가: 세입자가 전세자금 대출을 받거나 전세권을 설정하는 것도 등기가 있어야 가능합니다.

#3. 보존 등기 필수 서류: 건축물대장, 주민등록초본, 취득세 영수필통지서

셀프 등기를 준비하신다면 아래 서류들을 꼼꼼히 챙겨야 합니다. 하나라도 빠지면 등기소에서 서류가 반려되어 다시 방문해야 하는 번거로움이 생깁니다.

건축물대장 등본 (1부): 부동산등기규칙 제121조 제2항에 따른 필수 서류. 구청이나 '정부24'에서 발급받을 수 있습니다. 반드시 '주민등록번호 뒷자리'가 공개되어야 하며, 상세 내역이 포함되어야 합니다.
주민등록초본 (1부): 부동산등기규칙 및 등기예규에 따라 주소 변동 내역이 포함된 것으로 준비하십시오.
취득세 영수필확인서: 구청에서 취득세를 낸 후 받은 영수증입니다.
등기신청수수료 영수필확인서: 등기소에 납부하는 행정 수수료 영수증입니다. 2026년 현재 기준 서면 방문 신청 시 18,000원, 전자표준양식(e-Form) 이용 시 15,000원, 전자 신청 시 10,000원입니다. 등기신청수수료 징수에 관한 예규 근거. 등기소 내 은행에서 납부하거나 인터넷등기소에서 미리 결제한 후 영수증을 출력해 제출해야 합니다.
소유권 보존 등기 신청서: 대법원 인터넷등기소에서 내려받거나 등기소 현장에 비치된 양식을 사용합니다.
건물 도면 (필요 시): 부동산등기규칙 제121조 제3항 및 제4항에 따라 다음과 같은 경우에는 도면을 반드시 제출해야 합니다.
- 구분건물(다세대주택, 빌라, 상가 등): 1동의 건물을 나누어 소유하는 경우 부동산등기규칙에 따라 '1동 건물의 소재도'를 제출하는 것이 원칙이나, 건축물대장 정보를 등기소에 제공한 경우에는 소재도를 따로 제출하지 않아도 됩니다. 실무적으로는 대부분 건축물대장을 첨부하므로 소재도 제출 의무가 면제됩니다., '각 층의 평면도' (단, 건축물대장 정보를 등기소에 제공하는 경우에는 평면도 제출이 면제됩니다), '내가 소유한 구역(전유부분)의 평면도'가 모두 필요합니다.
- 동일 대지 내 건물이 여러 개일 때: 같은 땅(지번) 위에 건물이 2개 이상 있다면 각 건물의 위치를 나타내는 소재도를 제출해야 하는 것이 원칙이나, 건축물대장 정보를 등기소에 제공하는 경우에는 소재도를 제출하지 않아도 됩니다. (부동산등기규칙 제121조 제3항)
- 참고사항: 건축물대장 정보를 등기소에 전자적으로 제공하는 경우 대장에 포함된 도면으로 대체되어 제출을 생략할 수 있으나, 대장에 도면이 누락되었거나 수기 접수 시에는 지참해야 하므로 관할 등기소에 미리 확인하는 것이 안전합니다.

#4. 단계별 진행 동선: 구청 세금 납부부터 등기소 최종 접수까지

보존 등기를 직접 하려면 보통 [구청 → 은행 → 등기소] 순서로 이동하게 됩니다.

#4.1. 구청 세무과 방문 및 취득세 고지서 발급받기

먼저 건물이 위치한 관할 구청(또는 시청/군청) 세무과를 방문합니다. 건축물대장과 신축 공사 계약서 등을 제출하면 취득세를 계산하여 고지서를 발급해 줍니다. 2026년 현재는 온라인(위택스)으로도 신청과 납부가 가능하지만, 서류 확인을 위해 첫 등기는 직접 방문하는 것이 더 정확할 수 있습니다.

#4.2. 은행에서 국민주택채권 매입 및 정부 수입인지 구매하기

구청 안이나 근처에 있는 은행에 가서 세금을 납부합니다.

국민주택채권: 건물을 처음 등기할 때도 사야 합니다. 다만, 모든 건물이 매입 대상은 아닙니다. 주택(아파트, 빌라 등)은 시가표준액 2,000만 원 미만일 때 국민주택채권 매입이 면제됩니다. 주택 외의 건축물(상가, 사무실 등)은 시가표준액 1,000만 원 미만일 때 면제됩니다. 토지의 경우 시가표준액 500만 원 미만일 때 면제됩니다. 따라서 대상 건물이 '주택'인지 '일반 건물'인지에 따라 면제 기준 금액이 달라집니다. 시가표준액이 2,000만 원 이상인 경우에만 건물의 용도와 지역에 따른 일정 비율의 채권을 매입해야 합니다. 또한, 주택도시기금법 시행령 제8조 제2항 별표 제3호 라목 에 따라 과거 건축허가를 신청할 때 이미 국민주택채권을 매입했다면 보존 등기 시에는 다시 매입하지 않아도 되니 영수증 등을 미리 확인하시기 바랍니다.
등기신청수수료: 건물당 약 15,000원 정도를 현금으로 납부하고 영수증을 챙깁니다.
참고: 보존 등기는 매매 계약이 아니므로 일반적으로 인지세(정부 수입인지)는 내지 않습니다. 다만, 등기와 동시에 대출을 받는다면 대출금액에 따른 인지세가 발생할 수 있습니다.

#4.3. 등기소 신청서 작성 및 준비 서류 최종 제출하기

마지막으로 관할 등기소에 가서 '소유권 보존 등기 신청서'를 작성합니다. 준비해 온 건축물대장, 취득세 영수증, 주민등록초본 등을 신청서와 함께 제출하면 끝납니다. 접수 후 약 3~7일 정도 지나면 등기가 완료되며, 이후 인터넷등기소에서 자신의 이름이 올라간 등기부등본을 확인할 수 있습니다.

#5. 2026년 취득세율과 국민주택채권 매입 금액 산정 기준

2026년 기준으로 신축 건물의 보존 등기 시 내야 하는 세금과 채권 매입 기준은 다음과 같습니다. 특히 국민주택채권은 건물의 '시가표준액(정부가 매긴 건물의 값어치)'에 따라 매입해야 하는 금액이 달라지므로 미리 계산해 보는 것이 좋습니다.

#5.1. 취득세율 안내

지방세법 제11조에 따라 신축 건물의 표준 취득세율은 2.8%입니다. 여기에 추가되는 세금을 합하면 실질적으로 공사비인 과세표준(세금을 매기는 기준이 되는 금액)의 약 3.16% 정도를 부담하게 됩니다.

취득세: 과세표준(세금을 매기는 기준이 되는 금액)의 2.8%
지방교육세: 보존 등기(원시취득) 시 지방교육세는 취득세액 전체의 20%가 아니라, 취득세 표준세율(2.8%)에서 2%를 뺀 세율을 적용하여 산출한 금액의 20%가 부과됩니다. 실질적으로는 취득가액의 0.16%에 해당하는 금액이 지방교육세로 추가 부과됩니다. 관련 법령: 「지방세법」 제151조 제1항 제1호
농어촌특별세: 보존등기 시 농어촌특별세는 전체 취득세액(2.8%)의 10%가 아니라, 표준세율 2%를 기준으로 산출된 금액의 10%가 부과됩니다. 따라서 실질적으로는 취득가액의 0.2%에 해당하는 금액이 부과되며, 전용면적 85㎡ 이하(수도권 외 읍·면 지역 100㎡ 이하) 주택은 농어촌특별세 비과세 대상(면제)입니다.

#5.2. 국민주택채권 매입 요율표

국민주택채권은 주택도시기금법에 따라 부동산 등기 시 의무적으로 매입해야 하는 채권입니다. 건물 보존 등기 시 시가표준액이 2,000만 원 미만이면 매입이 면제됩니다. 그 이상인 경우 아래 요율에 따라 매입합니다.

[주거용 건물(주택) 기준]

2,000만 원 이상 ~ 5,000만 원 미만: 시가표준액의 1.3% (전 지역 공통)
5,000만 원 이상 ~ 1억 원 미만: 특별시·광역시 1.9% / 기타 지역 1.4%
1억 원 이상 ~ 1억 6천만 원 미만: 특별시·광역시 2.1% / 기타 지역 1.6%
1억 6천만 원 이상 ~ 2억 6천만 원 미만: 특별시·광역시 2.3% / 기타 지역 1.8%
2억 6천만 원 이상 ~ 6억 원 미만: 특별시·광역시 2.6% / 기타 지역 2.1%
6억 원 이상: 특별시·광역시 3.1% / 지역 2.6%

[주택 외 부동산(상가, 사무실 등) 기준]

1,000만 원 이상 ~ 1억 3천만 원 미만: 특별시·광역시 1.0% / 기타 지역 0.8%
1억 3천만 원 이상 ~ 2억 5천만 원 미만: 특별시·광역시 1.6% / 기타 지역 1.4%
2억 5천만 원 이상: 특별시·광역시 2.0% / 기타 지역 1.8%

#5.3. 2026년 신설 및 연장된 취득세 감면 혜택

2026년에는 민생 경제 회복과 인구 감소 대응을 위해 다음과 같은 취득세 감면 혜택이 적용됩니다.

생애 최초 주택 취득세 감면: 2028년 말까지 연장된 제도에 따라, 12억 원 이하 주택을 생애 최초로 취득하는 경우 소득 제한 없이 취득세를 감면받을 수 있습니다. 감면 한도는 일반 지역은 200만 원, 인구감소지역 등은 최대 300만 원까지이며, 반드시 본인이 직접 거주해야 한다는 요건을 지켜야 하며 실거주 목적으로 취득하는 대한민국 국민이어야 합니다.
인구감소지역 내 생애 최초 감면 확대: 인구감소지역(전국 89개 시·군·구 등)에서 생애 최초로 주택을 구입하면 감면 한도가 기존 200만 원에서 최대 300만 원으로 상향 적용됩니다.

해당 감면 혜택은 반드시 납세자가 직접 신청해야 적용되므로, 보존 등기 전 관할 구청 세무과에 대상 여부를 미리 확인하시기 바랍니다.

#6. 셀프 등기 시 유의사항: 서류 반려 방지를 위한 최종 체크리스트

직접 등기를 하다가 서류가 반려되면 시간 낭비가 큽니다. 제출 전 아래 사항을 반드시 다시 확인하십시오.

정확한 정보 기재: 신청서에 적은 주소와 이름이 건축물대장 및 초본과 글자 하나 틀리지 않고 똑같은지 확인하십시오.
도장 날인 또는 서명 대체: 서류 사이사이에 찍는 도장(간인)을 빠뜨리지 않았는지 점검하십시오. 만약 도장이 없다면 '본인서명사실확인서'를 미리 발급받아 지참하십시오. 「본인서명사실 확인 등에 관한 법률」 제13조에 따라 인감증명서와 동일한 효력을 가지므로 도장 대신 본인의 서명을 사용할 수 있습니다. 서명 사실 확인서는 가까운 동주민센터나 행정복지센터에서 발급받을 수 있습니다.
날짜 일치: 취득세 납부 확인서의 날짜와 신청 날짜가 60일 이내인지 다시 한번 확인하십시오.
신분증 지참: 본인이 직접 갈 때는 신분증을 반드시 지참해야 합니다. 도장을 사용할 경우 도장도 함께 챙기십시오.

보존 등기는 처음 접하면 복잡해 보이지만, 차근차근 서류를 준비하면 누구나 할 수 있습니다. 법무사 수수료를 아끼는 것은 물론, 내 건물의 첫 기록을 직접 만든다는 뿌듯함도 느껴보시기 바랍니다. 정확한 비용이나 변동된 법규가 궁금하다면 관할 등기소에 미리 전화로 문의하는 것이 가장 정확합니다.